La idea del cerebro triple de Paul MacLean se fundamenta en la idea de que en el encéfalo humano habitan 3 sistemas cerebrales distintos, con sus propias lógicas de funcionamiento, y que cada uno de ellos ha ido apareciendo en nuestra línea evolutiva de manera secuencial, el uno sobre el otro. Eso significa, entre otras cosas, que estos tres cerebros serían relativamente independientes y que se relacionarían entre sí siguiendo una jerarquía, dependiendo de su antigüedad y lo importante de sus funciones de cara a nuestra supervivencia.
El complejo reptiliano, por ejemplo, al ser el primero en aparecer sería la estructura que lleva a cabo las funciones más básicas y más importantes para sobrevivir en el aquí y el ahora, mientras que el neocórtex, al ser la estructura de aparición más reciente en la línea evolutiva que lleva hasta el Homo sapiens, sería el que se encarga de las funciones más refinadas y complejas.
La lógica que sigue esta concepción del cerebro humano recuerda mucho a una forma de entender la evolución como un proceso en el que lo nuevo se va acumulando sobre lo viejo, de manera que estas dos partes mantienen una independencia relativa entre sí, aunque se afectan las unas a las otras. También recuerda a la idea de que lo emocional y lo racional forman parte de dos dimensiones psicológicas diametralmente opuestas, y que donde hay una no cabe la otra.
